Beberapa waktu setelah kejadian yang melibatkan Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime ingat merekrut Haruyuki Arita ke dalam program “Brain Burst”-sebuah aplikasi yang memungkinkan para pemain untuk mempercepat fungsi kognitif mereka hingga waktu seolah-olah berhenti. Sejak kedatangannya, Haruyuki menjadi terkenal di antara Burst Linkers lainnya dan telah membantu Kuroyukihime mencapai tujuannya untuk mencapai level tertinggi dalam permainan.
Selama pertempuran teritorial dengan legiun mereka, Nega Nebulus, Haruyuki dan teman-temannya dikeluarkan dari program setelah terjadi badai yang merusak di dalam game. Di seluruh Tokyo, kamera keamanan tidak berfungsi, yang menurut Kuroyukihime terkait dengan kesalahan Brain Burst. Bertekad untuk memperbaiki masalah ini, Nega Nebulus harus merekrut legiun lain untuk menemukan sumber masalah dan mengembalikan kemampuan akselerasi.
