Sejak kematian kakeknya, Yasuji, Kousuke Kumagaya menjadi jauh dari teman dekatnya, Natsume Tonai. Tumbuh bersama seperti saudara kandung di gedung apartemen yang sama, keduanya kini berselisih satu sama lain karena ketidakmampuan Natsume untuk melepaskan masa lalunya. Keretakan ini semakin diperparah dengan adanya kabar bahwa bekas kompleks mereka akan segera dihancurkan.
Mendengar kabar tentang hantu yang konon menghantui kompleks tua tersebut, teman-teman Kousuke menyeretnya ke lokasi pembongkaran untuk melihat-lihat. Ketika Kousuke menemukan bahwa Natsume juga ada di sana, mereka bertengkar karena memperebutkan sebuah kamera tua yang dulunya milik Yasuji. Hal ini menyebabkan Natsume melarikan kamera tersebut, tetapi saat ia akan jatuh dari atap gedung, hujan lebat menyelimuti seluruh gedung dan membanjiri tanah di sekelilingnya.
Anak-anak kecil itu kini mendapati diri mereka terombang-ambing di lautan dengan gedung apartemen yang berfungsi sebagai kapal mereka. Karena tidak dapat berkomunikasi dengan dunia luar, Natsume dan Kousuke harus mendamaikan perbedaan mereka jika mereka ingin memiliki kesempatan untuk menemukan jalan pulang.
