Manusia dan setan adalah dua sisi dari mata uang yang sama, seperti halnya Assiah dan Gehenna, dunia mereka masing-masing. Satu-satunya cara untuk melakukan perjalanan di antara kedua dunia tersebut adalah dengan cara kerasukan, seperti dalam cerita-cerita hantu. Namun, Setan, penguasa Gehenna, tidak dapat menemukan inang yang cocok untuk dirasuki dan oleh karena itu, ia tetap terpenjara di dunianya. Dalam upaya putus asa untuk menaklukkan Assiah, dia mengirim putranya sebagai gantinya, berniat agar dia pada akhirnya tumbuh menjadi bejana yang mampu dirasuki oleh raja iblis.
Ao no Exorcist mengikuti Rin Okumura yang tampak seperti remaja biasa yang agak merepotkan-hingga suatu hari dia disergap oleh setan. Dunianya berubah menjadi terbalik ketika dia menemukan bahwa dia sebenarnya adalah anak Setan dan ayah iblisnya berharap agar dia kembali agar mereka dapat menaklukkan Assiah bersama-sama. Tidak ingin bergabung dengan raja Gehenna, Rin memutuskan untuk mulai berlatih menjadi pengusir setan agar ia dapat bertarung untuk mempertahankan Assiah bersama saudaranya, Yukio.
