Tidak seperti saudara kembarnya, Yukio, Rin Okumura tidak pernah ingin tahu tentang orang tua mereka dan keadaan seputar kelahirannya sendiri. Namun, penguasa waktu, Mephisto Pheles, memberi Rin kunci yang membawanya kembali ke 40 tahun lalu saat mendiang ibunya, Yuri Frederick Egin, masih anak-anak. Dengan bimbingan Mephisto, Rin melompati tahun-tahun masa kecil Yuri dan masa remajanya sebagai pengusir setan yang masih dalam pelatihan.
Di awal cerita, Yuri bertemu dengan Shirou Fujimoto, ayah angkat Rin dan Yukio. Saat Rin mengikuti kehidupan Yuri dan Shirou, ia menyaksikan secara langsung kemunculan awal Setan, ayah kandungnya, dan kengerian yang terjadi di Bagian 13 khusus Ordo Salib Sejati. Hubungan unik Yuri dengan Setan akhirnya membawa Rin ke kebenaran di balik peristiwa paling mengerikan dalam sejarah pengusir setan dan hari saat ia dan Yukio dilahirkan—Malam Biru.
