Umat manusia berada dalam situasi sulit ketika permukaan laut mulai naik ke level yang belum pernah terjadi sebelumnya pada tahun 2039. Parahnya lagi, musuh-musuh kuat yang menyerupai kapal-kapal tua masa perang yang disebut Armada Kabut berkeliaran di perairan, memutus komunikasi dan transportasi ke berbagai wilayah.
Setiap upaya pembalasan berakhir dengan kegagalan dengan persenjataan umat manusia saat ini. Hanya Gunzou Chihaya yang memiliki peluang melawan Armada Kabut sebagai kapten kapal selam I-401 Iona yang bersahabat. Akibatnya, Gunzou dan krunya, yang dikenal sebagai Baja Biru, ditugaskan dengan misi pengiriman penting oleh pemerintah Jepang: mereka harus mengirimkan harapan terakhir umat manusia melawan Armada Kabut, Hulu Ledak Torpedo Getaran, melalui perairan yang berbahaya ke Amerika Serikat untuk diproduksi massal.
Meskipun terlibat dalam konflik yang tidak menyenangkan tersebut, Baja Biru hanya mengupayakan penyelesaian damai. Saat Iona menjalankan misi saat ini dan tugas-tugas selanjutnya, para kru menjunjung tinggi nilai-nilai mereka bahkan dalam menghadapi situasi yang sulit.
