Sebagai seorang anak laki-laki dari keluarga bangsawan di Amawakuni, Arata selalu berharap untuk menjalani kehidupannya sendiri-sampai berita tentang sang putri yang semakin lemah sampai ke kotanya. Tanpa sepengetahuannya, neneknya telah mengklaim bahwa dia adalah perempuan sejak lahir, dan sekarang, tanpa ada anak perempuan lain yang bisa menggantikan sang putri dari klan Hime yang matriarkis, dia menjadi pewaris takhta berikutnya! Menyamar sebagai seorang wanita yang sedang menunggu penggantinya ditemukan, Arata menyaksikan percobaan pembunuhan terhadap sang putri yang dilakukan oleh pengawalnya sendiri, 12 Shinsho. Kejahatan tersebut ditimpakan ke kepalanya, memaksa Arata melarikan diri ke hutan Kando, di mana konon tidak ada seorang pun yang keluar dengan kondisi yang sama.
Sementara itu, di Jepang modern, Arata Hinohara merindukan untuk melarikan diri dari kekejaman teman-teman sekelasnya. Mendengar namanya dipanggil dari sebuah gang, dia mengembara dari jalannya dan tanpa disadari berpindah alam semesta dengan Arata dari Amawakuni. Dengan kekuatannya sendiri sebagai “Sho” yang baru saja terbangun – seorang pejuang yang mampu menggunakan Hayagami, senjata dengan kekuatan para dewa – dan bantuan rekan-rekannya yang ia temui di sepanjang perjalanannya, Hinohara bertekad memulihkan ketertiban di dunia yang baru ini.
