Shin Hazama telah menutup hatinya sejak kematian ibunya yang misterius dan tiba-tiba di masa kecilnya. Dengan ayahnya yang seorang ilmuwan yang sibuk dengan penelitian, dia hanya bisa mengandalkan teman masa kecilnya, Kotori Izumi, anak perempuan yang populer dan baik hati dari majikan ayahnya. Pada akhir tahun ketiga mereka di sekolah menengah atas dengan kelulusan yang sebentar lagi tiba, Shin dan Kotori akhirnya mulai melangkah maju bersama, baik dalam kehidupan maupun cinta.
Semuanya berantakan lagi ketika ayah Shin juga tiba-tiba meninggal. Namun sebelum semuanya bisa tenang, dia dan Kotori mengetahui rahasia di balik kematian mendadak orangtuanya ketika mereka bertemu dengan agen-agen dari Jepang distopia berteknologi tinggi yang ada di alam semesta paralel. Di antara mereka ada Jin, “diri relatif” Shin, yang bekerja melawan senjata humanoid Miko dan Niko. Karena kehidupan diri relatif saling terkait, Jin memiliki dua tujuan: membela Shin yang rentan untuk melindungi nyawa mereka berdua, dan membunuh Kotori untuk mengakhiri pemerintahan yang kejam dari diri relatifnya, Putri Kotoko-musuh bebuyutan dan pembunuh orang tuanya. Dihadapkan pada kenyataan baru ini, Shin dan Kotori harus jujur menghadapi perasaan mereka satu sama lain, meskipun dunia yang mereka kenal akan berakhir besok.
