Sepuluh tahun yang lalu, letusan gunung berapi membawa Kepulauan Ayaka di Jepang ke ambang kehancuran. Sejak saat itu, Yukito Yanagi tinggal bersama keluarga asuh di daratan, tetapi dia mengasingkan diri dari orang lain setelah sebuah insiden yang mengganggu. Karena keinginan mendiang ayahnya, Makoto, Yukito dibawa kembali ke tempat kelahirannya pada hari kelulusan sekolah menengahnya. Di sana ia bertemu dengan murid-murid Makoto dan mengetahui keadaan supranatural di wilayah tersebut. Makhluk hidup misterius yang dikenal sebagai Mitama mendiami pulau-pulau tersebut, tetapi potensi mereka untuk memakan energi negatif manusia dan berubah menjadi monster ganas yang disebut Ara-Mitama membahayakan nyawa para penduduk pulau.
Yukito menemukan bahwa, seperti ayahnya, dia adalah seorang Ley Master – seorang individu khusus dengan kemampuan yang mirip dengan sihir, yang bertugas menenangkan Ara-Mitama. Saat dia belajar untuk mengatasi traumanya dan mengendalikan kekuatannya, Yukito memutuskan untuk mengikuti jejak ayahnya dan menjadi Ley Master kelas satu untuk melindungi kedamaian Ayaka.
