Tomoya Okazaki adalah seorang remaja bermasalah yang merasa hidupnya membosankan dan yakin bahwa dia tidak akan pernah menjadi seseorang yang berarti. Bersama temannya, Youhei Sunohara, dia bolos sekolah dan berencana menghabiskan hari-harinya di sekolah menengah dengan sia-sia.
Suatu hari saat berjalan ke sekolah, Tomoya melewati seorang gadis muda yang bergumam pelan pada dirinya sendiri. Tiba-tiba ia berteriak, “Anpan!” (makanan populer Jepang), yang menarik perhatian Tomoya. Ia segera mengetahui nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan bahwa ia berteriak hal-hal yang disukainya untuk memotivasi diri. Nagisa mengklaim mereka sekarang berteman, tetapi Tomoya pergi begitu saja, menganggap pertemuan itu tidak berarti.
Namun, Tomoya mulai memperhatikan Nagisa lebih sering di sekolah. Akhirnya, dia menyerah dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui bahwa Nagisa ditahan satu tahun karena penyakit serius dan mimpinya adalah menghidupkan kembali klub drama sekolah. Dengan alasan tidak ada yang lebih baik untuk dilakukan, dia memutuskan untuk membantunya mencapai tujuan itu bersama empat gadis lainnya.
Seiring Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan gadis-gadis itu, dia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Saat dia berusaha membantu setiap gadis mengatasi hambatan masing-masing, dia mulai menyadari bahwa hidup tidak sebosan yang dia kira sebelumnya.
