Di koloni Mars, Tokyo Keempat, terdapat ruang kelas yang berisi para pemikir cemerlang Kirishina Corporation yang mempelopori pengembangan kedirgantaraan: A-TEC, yang dipimpin oleh insinyur jenius Kaito Sera, dengan penuh semangat menantikan kedatangan anggota terbaru mereka. Namun, segera menjadi jelas bahwa siswa pindahan tersebut bukanlah orang biasa-Nagisa Kiryuu, yang baru saja ditunjuk sebagai kepala A-TEC dan adik dari CEO perusahaan, dikirim untuk menutup program tersebut. Untuk menjaga agar ruang kelas tetap hidup, Kaito dan murid-muridnya berusaha keras untuk mengembangkan penerus roket terkuat mereka, X-2; sementara itu, Nagisa menaiki tangga perusahaan untuk mengejar misinya sendiri. Meskipun demikian, pertempuran mereka yang terpisah segera mengungkapkan bahwa ada lebih banyak hal yang terjadi di Kirishina Corporation daripada yang terlihat.
Classroom☆Crisis mengikuti Kaito dan Nagisa, serta adik perempuan Kaito, Mizuki, dan pilot penguji A-TEC, Iris Shirasaki, dalam sebuah kisah penuh intrik, peperangan politik, dan, di tengah segala rintangan, romansa. Ketika Nagisa dan A-TEC terseret semakin jauh ke dalam konspirasi Kirishina Corporation, persahabatan tumbuh dan masa lalu terungkap saat mereka berjuang untuk menghindari krisis di kelas mereka.
