Legenda menceritakan bahwa ketika Bumi hancur, pembuat jam Y yang hebat membuat pengganti dari roda gigi dan gigi. Naoto Miura adalah seorang anak laki-laki yang bercita-cita menjadi pembuat jam yang hebat. Namun, terlepas dari bakat uniknya—pendengaran sensitif yang dapat langsung memahami mekanisme mesin jam hanya dari suara—ia hanya membuat sedikit kemajuan. Namun, hal ini berubah ketika sebuah peti mati jatuh dari langit ke apartemennya, memperlihatkan RyuZU, seorang automaton wanita yang ditempa oleh Y sendiri.
Berita tentang kedatangan RyuZU membawa Marie Bell Breguet, pewaris berbakat dari garis keturunan pembuat jam terkemuka, dan pengawal cyborgnya, Vainney Halter, ke dalam kehidupan Naoto juga. Ketika ia dan Naoto terlibat dalam pertempuran penuh aksi untuk hidup mereka, mereka menemukan kebenaran yang tidak mengenakkan: planet mesin jam tempat umat manusia telah hidup selama lebih dari satu milenium mulai runtuh—sebuah rahasia yang rela dibunuh banyak orang untuk melindunginya.
