Sudah setahun berlalu sejak Pemberontakan Hitam, sebuah pemberontakan yang gagal melawan Kekaisaran Britannia Suci yang dipimpin oleh pahlawan bertopeng Zero, yang kini hilang tanpa jejak. Tanpa pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11—Ksatria Hitam—merasa tak berdaya untuk melawan kekejaman yang ditimpakan Britannia kepada Elevens, yang semakin meningkat untuk menghancurkan segala harapan akan pemberontakan di masa depan.
Lelouch Lamperouge, yang telah kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup dengan damai bersama teman-temannya sebagai siswa SMA di Akademi Ashford. Mantan mitranya, C.C., yang tidak dapat menerima perubahan ini, mengambil inisiatif untuk mengingatkannya pada tujuan masa lalunya, berharap bahwa otak di balik Zero akan bangkit kembali untuk menyelesaikan apa yang telah dia mulai, dalam penutup yang mendebarkan dari seri ini.
