Perbukitan Pulau Koumi yang rimbun adalah salah satu dari banyak alasan wisatawan mengunjungi pantainya—alasan yang tak kalah menariknya dibandingkan terumbu karangnya yang indah dan legenda Anne Bonnie dan Mary Read. Museum yang menyimpan parang dan pistol milik duo bajak laut pemberani ini sangat bermanfaat bagi pariwisata pulau kecil ini.
Dalam perjalanan ke pulau itu, Kogorou Mouri yang terkenal ditemani oleh putrinya, Ran, sahabatnya, Sonoko Suzuki, Detektif Cilik, dan Conan Edogawa. Setelah terjadi kekacauan di hotel mengenai kamar mereka, kelompok tersebut bertemu dengan para pemburu harta karun dan berkenalan dengan demam harta karun di pulau itu. Dikirim untuk berburu sendiri, Detektif Cilik menjelajahi pulau itu; sementara di perairan yang jauh lebih ganas, Conan menemukan sebuah pembunuhan. Polisi, yang mengikuti petunjuk dari perampokan baru-baru ini, tiba tak lama kemudian, dan Koumi terjerumus ke dalam kekacauan.
Yang terjadi selanjutnya adalah upaya gila-gilaan, bukan hanya para pemburu harta karun, tetapi juga penduduk Koumi, untuk mengamankan harta rampasan Anne dan Mary yang telah lama hilang. Sementara itu, Conan, Kogorou, dan polisi mencari satu hal yang jauh lebih besar daripada kekayaan—keadilan.
