Hari penting pembukaan kereta bawah tanah Tokyo yang baru, Touto Line, telah tiba, tetapi sebuah insiden pengeboman membuat semua perayaan terhenti. Gubernur Tokyo terperangkap dalam ledakan saat berada di dalam kereta, tetapi dia dan semua orang yang hadir di sana untungnya terselamatkan oleh pemikiran dan tindakan cepat Conan Edogawa.
Penasaran dengan kejadian tersebut, Conan meneliti sejarah politik sang gubernur dan menemukan bahwa pria itu bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata untuk membangun Bendungan Kitanosawa. Percaya bahwa serangan itu terkait dengan pembangunan bendungan, Conan, ditemani oleh Ran Mouri, Kogorou Mouri, Profesor Agasa, Sonoko Suzuki, dan Detective Boys, memutuskan untuk mengunjungi desa tersebut dan melakukan penyelidikan.
Di sana, mereka bertemu dengan sekelompok penduduk setempat yang tinggal di desa tua sebelum diruntuhkan. Namun, saat satu misteri mengarah ke misteri lainnya, salah satu penduduk setempat dibunuh. Mencurigai ada sesuatu yang jauh lebih jahat yang sedang terjadi, Conan bersumpah untuk mengungkap kebenaran di balik kedua insiden ini sebelum terlambat.
