Pada tahun ke-11 Era Meiji, berakhirnya Keshogunan Samurai dan pelarangan pedang telah meninggalkan luka yang tak kunjung sembuh di Jepang. Kecewa dengan perubahan-perubahan baru-baru ini, banyak mantan samurai berkomplot melawan pemerintahan baru, yang memicu gelombang pertumpahan darah. Untuk melawan gerakan ini, pemerintah membangun penjara raksasa di tengah Danau Biwa.
Secara tidak resmi ditugaskan untuk membantu polisi menangkap penjahat, Tenka Kumou juga bertugas sebagai tukang perahu ke penjara Danau Biwa dengan bantuan dua adiknya: Soramaru yang ambisius dan Chuutarou yang antusias. Bersama mantan ninja Fuma, Shirasu Kinjou, Kumou bersaudara menjalani kehidupan yang sederhana dan menyenangkan, sebagian besar didedikasikan untuk belajar dan berlatih.
Namun, di balik rutinitas harian yang relatif tenang ini, momok kutukan “Orochi” mulai membayangi kota Oumi. Menurut legenda, setiap tiga ratus tahun, Orochi bereinkarnasi dalam wadah manusia—dan diyakini bahwa ini adalah pertanda bencana yang akan segera terjadi. Saat berbagai kelompok berlomba mencari wadah Orochi, beberapa bertujuan untuk menyegel kutukan, sementara yang lain memiliki rencana jahat.
