Subaru Mikazuki adalah seorang penulis novel misteri berusia 23 tahun, seorang yang sangat introvert, dan seorang yang pemalu. Dia lebih suka tinggal di rumah untuk membaca buku daripada pergi ke luar dan berinteraksi dengan orang lain. Lebih jauh lagi, orang tuanya meninggal secara tragis dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun yang lalu, meninggalkannya sendirian di dunia.
Suatu hari, saat memberikan persembahan di makam orang tuanya, Subaru bertemu dengan seekor kucing kecil berwarna abu-abu dan putih bernama Haru, yang akhirnya ia bawa pulang. Subaru, bagaimanapun, tidak pernah merawat orang lain dalam hidupnya-bisakah dia merawat seekor kucing? Haru berterima kasih kepada Subaru, karena dia memberinya semua makanan yang diinginkannya-sebuah kemewahan untuk seekor kucing yang terbiasa dengan kehidupan yang keras di jalanan. Namun, ia menyadari bahwa Subaru bahkan tidak bisa mengurus dirinya sendiri! Akankah dia baik-baik saja dengan orang bodoh ini?
Doukyonin wa Hiza, Tokidoki, Atama no Ue. bercerita tentang persahabatan yang tidak biasa antara manusia dan kucing yang mencoba untuk saling memahami satu sama lain.
