Setelah ditabrak truk pada tahun 2014, Akira Natsume terbangun dan mendapati dirinya berada di dalam sebuah mesin setelah koma selama 16 tahun. Saat dia menyesuaikan diri dengan antarmuka yang baru, dia disambut oleh petugas polisi Minami Uezono dan mitra androidnya, Alma. Pasangan ini menunjukkan kepada Akira bahwa otaknya berada di dalam perangkat yang disebut EX-ARM-sebuah senjata pemusnah massal. Di atas kapal penyelundup musuh, ketiganya harus melarikan diri dengan hanya mengandalkan kecerdikan dan keterampilan bertarung mereka.
Meskipun awalnya enggan untuk bertarung, Akira segera mengingat kata-kata kakaknya sebelum kecelakaan. Ingatan tersebut menginspirasinya untuk bertindak, merasuki tubuh Alma untuk melawan lawan-lawannya dengan seni bela diri. Setelah Alma menyambungkannya ke salah satu pelabuhan kapal, dia menemukan potensi dahsyat dari EX-ARM-nya dengan dengan mudah meretas dan mengambil alih kendali kapal.
Setelah tiba dengan selamat di daratan, Akira bertemu dengan anggota Tim Pencegahan Penanggulangan EX-ARM lainnya, sebuah divisi polisi yang bekerja untuk mengurangi efek EX-ARM. Menyaksikan kekejaman yang dilakukan oleh mereka yang mencari kekuatan EX-ARM, dia memutuskan untuk bergabung dengan tim dan mengakhiri teror yang disebabkan oleh senjata-senjata ini.
