Dengan janji mengabulkan permintaan apa pun, Cawan Suci yang mahakuasa memicu tiga perang di masa lalu, yang masing-masing terlalu kejam dan dahsyat untuk menyisakan pemenang. Meskipun demikian, keluarga Einzbern yang kaya raya yakin bahwa Perang Cawan Suci Keempat akan berbeda; yaitu, dengan wadah Cawan Suci yang kini berada dalam genggaman mereka. Karena alasan inilah, “Pembunuh Magus” Kiritsugu Emiya yang sangat dibenci disewa oleh keluarga Einzbern, dengan pernikahan dengan putri tunggal mereka, Irisviel, sebagai kontrak yang mengikat.
Kiritsugu kini berdiri di tengah permainan bertahan hidup yang sengit, berhadapan dengan enam peserta lainnya, masing-masing dipersenjatai dengan familiar kuno, dan didorong oleh hasrat serta cita-cita yang unik. Ditemani oleh familiarnya sendiri, Saber, tentara bayaran yang terkenal kejam itu segera menemukan lawan terhebatnya, Kirei Kotomine, seorang pendeta yang mencari keselamatan dari kekosongan dalam dirinya demi mengejar Kiritsugu.
Berdasarkan novel ringan karya Gen Urobuchi, Fate/Zero menggambarkan peristiwa Perang Cawan Suci Keempat—10 tahun sebelum Fate/stay night. Saksikan pertempuran sengit di mana tak seorang pun dijamin akan selamat.