Berlatar di antara peristiwa Free!: Eternal Summer dan Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks menceritakan musim panas terakhir para siswa kelas akhir yang telah lulus melalui empat kisah berbeda sebelum mereka berlayar menuju masa depan.
Unmei no Choice! (Pilihan yang Ditakdirkan!) mengikuti Haruka Nanase dan Makoto Tachibana yang mencari apartemen baru untuk Haruka saat ia menetap di Tokyo.
Hitou no Cooling Down! (Mendinginkan Diri di Pemandian Air Panas Rahasia!) menampilkan Aiichiro Nitori memilih hadiah kelulusan untuk Rin Matsuoka dan Sousuke Yamazaki, sementara Momotaro Mikoshiba memenangkan tiket ke Pemandian Air Panas Anago. Berharap untuk berlibur bersama, Aiichiro dan Momotaro mengajak Rin dan Sousuke.
Kessoku no Batafurai! (Kupu-Kupu Bersatu!) menampilkan Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki, dan Gou Matsuoka membuat video rekrutmen untuk menarik anggota klub baru untuk tahun ajaran berikutnya.
Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) melihat rencana tim renang Iwatobi dan Samezuka untuk pesta perpisahan kejutan Rin, karena ia akan segera berangkat ke Australia.
