Pada tahun Regild Century 1014, satu milenium telah berlalu sejak akhir Universal Century yang melegenda, di mana legenda seperti Amuro Ray dan Char Aznable menguasai medan perang sebagai pilot mobile suit ulung. Permukaan Bumi yang dulunya diperebutkan dengan sengit kini sebagian besar terbengkalai, dengan umat manusia lebih memilih untuk tinggal di koloni luar angkasa dan permukaan bulan.
Siswa Capital Guard Academy, Bellri Zenam, menjalani kehidupan akademis yang damai, tetapi hari-hari normalnya berakhir dengan penangkapan pilot bajak laut Aida Surugan dan mobile suit-nya, G-Self. Bellri merasakan hubungan mental yang kuat dengan G-Self dan menemukan bahwa ia mampu mengemudikannya. Ia segera menemukan dirinya berselisih dengan “Capital Guard,” sebuah faksi radikal yang mengikuti agenda rahasianya sendiri terlepas dari keinginan Tentara Amerika, yang masih memegang kekuasaan di Bumi. Bergabung dengan kru pesawat luar angkasa Amerika Megafauna, Bellri dan Aida harus mengemudikan G-Self menuju kemenangan melawan Capital Guard dan para pemimpinnya, Kolonel Kunpa Rushita yang karismatik dan Kapten Mask yang penuh teka-teki.
