Dipukuli dan dibiarkan binasa, Ryuunosuke Ibuki dirampok dari segala sesuatu yang menjadi miliknya. Melihatnya dalam kondisi yang menyedihkan, seorang pria bernama Kamo Serizawa memberinya kesempatan kedua dan menawarinya untuk menjadi asisten pribadinya. Ibuki tampaknya terhindar dari kesedihan, tetapi gaya hidup baru ini hanya membuatnya tidak lebih dari seekor anjing bagi salah satu pria paling berpengaruh di seluruh Kyoto.
Sementara itu, dengan meningkatnya serangan ronin terhadap masyarakat umum, keshogunan mengirim Roshigumi ke Kyoto untuk mengupayakan perdamaian. Dipimpin oleh Isami Kondou yang terhormat namun bersuara lembut, Roshigumi terdiri dari para samurai yang kuat dan terampil, namun tidak memiliki koneksi politik yang berarti untuk mendapatkan pijakan di kota yang dilanda kejahatan. Karena tidak memiliki pilihan lain, Kondou bersekutu dengan Serizawa yang sombong dan koneksinya dengan imbalan kekuatan tempur mereka.
Meskipun membenci semua yang diperjuangkan oleh para samurai, Ibuki mendapati dirinya terjerat dalam bisnis Roshigumi. Namun, ketika dia berinteraksi dengan para anggota di bawah kepemimpinan Kondou, Ibuki perlahan-lahan menyadari bahwa tidak semua samurai sekejam dan tidak terhormat seperti yang dia duga. Hakuouki Reimeiroku mengeksplorasi masa-masa awal menjelang pembentukan Shinsengumi, sementara ketegangan politik di Kyoto menimbulkan ketidakstabilan dan ketidakpastian.
