Mereka yang menerima Wahyu Babel harus melewati banyak pertempuran dan cobaan. Dengan menggenggam tangan pasangan khusus mereka, para “Hand Shaker” ini membawa diri mereka ke alam Ziggurat, sebuah dimensi alternatif di mana waktu tidak lagi ada. Setiap pasangan Hand Shaker harus bertarung untuk mendapatkan hak bertemu dengan Tuhan, yang akan menghadiahi mereka dengan mengabulkan satu permintaan.
Tazuna Takatsuki, seorang siswa SMA yang gemar memperbaiki berbagai hal, adalah salah satu dari Hand Shaker ini. Setelah menerima permintaan perbaikan dari Profesor Makihara dari universitas terdekat, Tazuna bertemu dengan Koyori Akutagawa, seorang gadis yang terbaring di tempat tidur yang mengingatkannya pada almarhumah kakaknya, Musubu. Mengingat keinginan almarhumah untuk tidak pernah melepaskan tangannya, Tazuna menggenggam tangan Koyori dan membangkitkan kekuatannya sebagai Hand Shaker. Namun, kehidupan Koyori secara langsung terkait dengan statusnya sebagai Hand Shaker, yang berarti jika Tazuna melepaskan tangannya, dia akan mati. Dengan bertemu dengan Tuhan sebagai satu-satunya harapan untuk menyelamatkannya, keduanya harus menemukan cara untuk menyatukan kekuatan unik mereka, mengatasi para Hand Shaker yang berlawanan, dan mewujudkan keinginan mereka.
