Setengah abad setelah perang dahsyat yang membawa Jepang ke ambang kehancuran, sebuah jaringan terpusat bernama Sound Health Everlasting Long Life (SHELL) telah menjadi dasar bagi masyarakat baru. Berkat penelitian mutakhir tentang mesin nano dan perawatan medis, orang-orang dijamin hidup bebas dari penyakit, tetapi mereka harus bekerja 19 jam sehari sebagai gantinya. Selain itu, ketika seseorang terputus dari sistem SHELL, sebuah fenomena yang sangat langka yang disebut “Human Lost” terjadi, mengubah manusia menjadi monster – “Lost” – yang harus dimusnahkan, agar masyarakat tidak runtuh untuk selamanya.
Namun, dalam masyarakat yang tidak memiliki rasa takut akan rasa sakit dan kematian ini, perilaku antisosial meningkat. Pekerja pabrik, Takeichi, berencana mengepung Kementerian Dalam Negeri untuk memprotes kondisi kehidupannya yang tidak manusiawi dan berhasil meyakinkan temannya, pelukis yang tidak dikenal, Youzou Ooba, untuk bergabung dalam perjuangannya. Namun, ketika operasi bunuh diri mereka gagal, Takeichi ditinggalkan dengan tubuh yang tidak dapat diperbaiki dan bermutasi menjadi Lost, dan Youzou segera mengikutinya.
Dalam pertarungan berikutnya, seorang anggota tim pengiriman, Yoshiko Hiiragi, menggunakan kemampuannya untuk mendeteksi para Lost dan menemukan bahwa Youzou memiliki kapasitas unik untuk kembali ke bentuk manusia. Sebagai orang ketiga yang selamat setelah menjadi unit Lost, Youzou segera bergabung dengan Yoshiko untuk menyelidiki ledakan fenomena Human Lost baru-baru ini yang mengancam kesempatan terakhir peradaban untuk terlahir kembali.
