Memindahkan kesadaran manusia ke dalam “Mesin-I” robotik kini menjadi kenyataan berkat penemuan bijih berharga bernama “orichalt”. Namun, ada kemungkinan kesadaran tersebut gagal kembali ke tubuh inangnya, membuat mereka terjebak di dalam kerangka logam baru mereka untuk selamanya. Begitulah situasi yang dialami anggota Excavate Company, sekelompok penambang Mesin-I yang nekat dipimpin oleh Grayman yang terkenal kejam yang bertujuan mengumpulkan orichalt untuk keuntungan.
Saat penyerbuan tambang, kelompok tersebut menyelamatkan Maya Mikuri, seorang mahasiswi yang ditinggalkan oleh krunya. Dituduh mencuri informasi rahasia tentang orichalt oleh mantan rekan kerjanya, ia bergabung dengan Excavate Company dengan harapan membersihkan namanya. Mereka kemudian memulai petualangan yang akan mengubah hidup mereka—termasuk hidup Ido, seorang anggota andalan kelompok yang tidak memiliki ingatan masa lalu. Untuk pertama kalinya, Ido mungkin memiliki kesempatan untuk menemukan kembali jati dirinya.
