Dijebloskan ke dalam sel isolasi setelah upaya penyelamatan yang berani, Jolyne Kuujou berjuang untuk mengungkap rencana jahat Whitesnake, musuh yang masih belum diketahui siapa penggunanya yang misterius.
Pengguna Whitesnake sebenarnya adalah Enrico Pucci, pendeta dan pendeta di Penjara Green Dolphin Street. Pucci memiliki hubungan yang mendalam dengan seorang penjahat yang pernah mengganggu garis keturunan Joestar, membuat perseteruannya dengan Jolyne dan ayahnya, Joutarou, menjadi perseteruan pribadi. Berniat untuk melaksanakan rencana besar temannya yang telah meninggal, Pucci menggunakan penjara dan para narapidananya untuk memenuhi rencana jahatnya.
Dibantu oleh sesama narapidana, seperti Ermes Costello dan Foo Fighters, Jolyne bertempur melawan beberapa musuh pengguna Stand. Ketika konsekuensi dari rencana Pucci menyebar di luar batas-batas penjara dan mulai mengancam seluruh dunia, Jolyne merangkul garis keturunan keluarganya dan mempertaruhkan nyawanya untuk mengakhiri kejahatan.
