Misaki Takahashi, seorang siswa SMA, pulang ke rumah dan mendapati kakaknya sedang dipeluk oleh seorang pria tak dikenal. Terkejut dengan pemandangan tersebut, Misaki mengetahui bahwa pria asing itu sebenarnya adalah Akihiko Usami, seorang novelis terkenal dan sahabat terbaik kakaknya. Seiring berjalannya waktu, Akihiko akhirnya menjadi guru privat Misaki. Namun, setelah menemukan novel boys-love terbaru sang penulis, Misaki menjadi ragu apakah harus mempercayai Akihiko terkait persahabatannya dengan kakak siswa tersebut.
Di tempat lain, Hiroki Kamijou, seorang dosen sastra klasik dan teman Akihiko, sedang berduka karena hubungan asmaranya yang gagal. Saat berada di ambang kehancuran mental, ia bertemu dengan siswa Nowaki Kusama, yang meminta bantuannya untuk ujian mendatang. Meskipun menolak permintaan Nowaki berkali-kali, Hiroki akhirnya membantunya. Seiring keduanya semakin dekat, terungkap lebih banyak rahasia tentang siswa tersebut.
Selain itu, ketika remaja kaya Shinobu Takatsuki mengetahui bahwa kakak perempuannya telah bercerai dengan rekan kerja Hiroki, You Miyagi, ia langsung ingin menjalin hubungan dengan pria yang sama—karena You pernah menyelamatkan Shinobu dari perampokan tiga tahun sebelumnya. Meskipun demikian, You tidak merasakan hal yang sama dan berusaha menakut-nakuti Shinobu. Namun, pendidik tersebut segera menyadari bahwa Shinobu akan melakukan apa saja untuk cinta yang ditakdirkan mereka.
Junjou Romantica mengumpulkan tiga kisah cinta, menceritakan romansa setiap pasangan.
