Setelah hidup bersama selama tiga tahun, hubungan Misaki Takahashi dan Akihiko “Usagi” Usami berjalan dengan lancar. Namun demikian, semua hubungan yang hebat pasti ada masalahnya, dan hubungan mereka baru saja dimulai. Dengan saingan baru di depan mata, Usagi mengkhawatirkan perasaan Misaki terhadapnya.
Sementara itu, Ryuuichirou Isaka selalu senang mengganggu kehidupan cinta Misaki dan Usagi, tetapi kehidupan cintanya sendiri tidak selalu berjalan mulus-Isaka dan sekretarisnya, Kaoru Asahina, telah berpacaran selama beberapa tahun; namun, Asahina lebih memilih untuk memisahkan kehidupan profesional dan pribadi mereka, yang sering kali menimbulkan masalah di antara mereka.
Sedangkan untuk Nowaki Kusama dan Hiroki Kamijou, setelah karier mereka akhirnya melejit, mereka hampir tidak pernah bertemu lagi. Dengan berkurangnya waktu yang mereka habiskan bersama, keraguan dan rasa tidak aman mengancam untuk merayap di antara mereka. Di sisi lain, perbedaan usia 17 tahun antara Shinobu Takatsuki dan You Miyagi telah menjadi penghalang konstan dalam hubungan mereka, tetapi ketika mereka belajar lebih banyak tentang satu sama lain, kesadaran diri mereka terus memudar.
Pasangan tercinta dari Junjou Romantica, Junjou Egoist, dan Junjou Terrorist kembali lagi, kali ini dengan tambahan karakter baru: Junjou Mistake!