Sangat jarang seorang gadis terlahir dengan dua jiwa yang berbeda: satu jiwa manusia dan satu jiwa kaiju. Individu-individu luar biasa ini, yang dijuluki “Kaiju Girls”, memiliki bentuk manusia normal dan kemampuan supernatural monster raksasa. Organisasi Penyelamatan dan Pendampingan Kaiju Internasional, yang juga dikenal sebagai GIRLS, dibentuk untuk membantu para Kaiju Girls menyesuaikan diri dengan kekuatan mereka dan menemukan tempat di masyarakat.
Baru-baru ini, tiga gadis muda telah membangkitkan bagian kaiju mereka. Aki Miyashita yang introvert mendapatkan jiwa Agira, Reika Shiragane yang serius mewarisi Windom, dan Miku Ushimaru yang energik menerima Miclas. Bersama-sama mereka bergabung dengan organisasi GIRLS, di mana ketiganya belajar bagaimana menggunakan kekuatan mereka dan mengendalikan naluri mengerikan mereka. Melalui dukungan dari orang-orang di sekitar mereka, Agira, Windom, dan Miclas masing-masing menemukan apa arti sebenarnya dari menjadi seorang Kaiju Girl.
