Di bawah keyakinan bahwa dewa Mitama yang mahakuasa akan datang untuk menyelamatkannya, Yukito Urabe berpartisipasi dalam sebuah ritual untuk menjadi pemimpin baru pemujaan ayahnya. Namun, ketika anak laki-laki itu tenggelam selama ritual, dia berharap terlahir kembali di dunia tanpa dewa atau agama.
Terbangun kembali di dunia yang sama sekali berbeda tanpa spiritualitas. Dia bertemu dengan seorang gadis yang menyimpang bernama Aruaru, yang memperkenalkannya ke desanya. Namun, gambaran indahnya tentang masyarakat dunia ini tidak bertahan lama ketika dia menyaksikan bunuh diri kelompok masyarakat dan mengetahui sistem akhir hidup di negara ini: kapan saja, pemerintah dapat memerintahkan warga negara mana pun untuk mati.
Aruaru dan saudara perempuannya secara paksa dibawa untuk dieksekusi segera setelah itu, mendorong Yukito untuk bergegas menyelamatkan mereka-tetapi tidak berhasil. Pada saat putus asa, Yukito mengingat ajaran ayahnya dan memanjatkan doa agar Mitama menyelamatkan mereka. Seolah-olah menjawab panggilannya, seorang gadis kecil turun dari langit dan memusnahkan semua orang yang mencelakai Yukito dan teman-temannya. Yang mengejutkan Yukito, gadis itu memperkenalkan dirinya sebagai Mitama.
