Ketika masih kecil dan sedang berburu serangga, Jin Mikuriya secara tak terduga bertemu dengan seorang dewa, yang menjadi inspirasi untuk karya seninya yang terbaru: The Tree Spirit. Berusaha mencari cara untuk membawa patung kayu itu ke sekolah, Jin yakin bahwa sisa hari itu akan dihabiskan untuk mengagumi karyanya. Namun sebelum ia sempat mengangkatnya, patung itu mulai menyerap tanah di sekitarnya dan meledak menjadi seorang gadis imut!
Gadis itu, Nagi, yang memperkenalkan diri sebagai penjaga bumi, menyatakan bahwa Jin harus membantunya menghilangkan “kotoran” yang mengganggu tanah. Namun sayangnya, karena pohon Nagi ditebang dan kekuatannya habis, dia terpaksa membersihkan kotoran tersebut hanya dengan tongkat sihir! Dengan hidup mereka yang kini saling terikat, Jin dan Nagi mencari cara untuk saling mengenal lebih dalam melalui berbagai petualangan sehari-hari yang tak ada habisnya.
