Tiga tahun setelah perang, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam sebuah kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikah dengan Natsuko, adik dari ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga pedesaan mendiang ibunya. Di sana, Mahito terus-menerus diejek oleh seekor bangau abu-abu yang aneh, yang tampaknya menaruh minat padanya.
Tidak dapat menerima kehilangannya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat yang asing, anak laki-laki itu terkejut saat mengetahui bahwa Natsuko hamil. Lebih buruk lagi, burung bangau yang mengganggu itu dapat berbicara-dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Memancingnya ke menara misterius di dekat kediamannya, burung bangau itu mengatakan bahwa Mahito dapat menyelamatkannya dari kematian, tetapi bocah itu tidak mudah terpengaruh.
Namun, ketika suatu hari Natsuko menghilang, Mahito melihat Natsuko berjalan masuk ke dalam menara dan terdorong untuk masuk ke dalam menara untuk menyelamatkannya. Dia segera menemukan dirinya jatuh ke dunia lain di bawahnya, di mana hidup dan mati tampaknya saling terkait. Saat dia menjelajahi dunia asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami apa artinya hidup jika dia ingin kembali ke rumah dengan selamat.
