Berlatar tahun 2029 dan setelah Perang Dunia III dan IV, blok Asia yang dipimpin Jepang mendominasi urusan dunia. Aliansi ini mempertahankan supremasi internasionalnya melalui pasukan keamanan elitnya, yang anggotanya yang diperkuat secara cybernetik menangani berbagai ancaman teroris hi-tech dan ancaman lain terhadap keamanan internasional. Agen-agen yang diperkuat ini dapat “ghost hack” (yaitu, mengunduh kesadaran mereka) melalui internet yang kini tersebar luas ke mesin lain dan hibrida manusia/mesin.
Mayor Motoko Kusanagi, seorang agen wanita yang ditingkatkan secara cybernetik, telah melacak entitas virtual yang dikenal sebagai Puppet Master bersama tim keamanan elitnya. Puppet Master, yang dapat berubah bentuk, merupakan ciptaan liar dari agen rival dalam sistem keamanan, telah menyimpulkan bahwa dirinya adalah bentuk kehidupan yang mandiri, “lahir dari lautan informasi,” dan meminta suaka politik serta keberadaan fisik yang sejati sebagai bentuk perlawanan terhadap penciptanya.
