Setelah perang dahsyat melawan ras raksasa yang dikenal sebagai Zentradi, umat manusia melarikan diri ke pusat galaksi dengan armada kapal kolonial yang disebut Macross Frontier. Seiring ancaman alien semakin jauh tertinggal, kehidupan di Macross Frontier berlanjut seperti biasa.
Pada tahun 2059, seorang trainee pilot mecha muda bernama Alto Saotome dan rekan-rekannya sedang bersiap untuk tampil dalam rutinitas pendamping untuk penyanyi terkenal Sheryl Nome, yang datang ke Macross Frontier untuk konser. Selama pertunjukan, spesies alien biomechanical yang dikenal sebagai Vajra tiba-tiba muncul, menembus pertahanan perimeter di sekitar kapal dan mendarat darurat di dekat lokasi konser, menyebabkan kekacauan di seluruh kota. Saat penonton konser dievakuasi, seorang gadis muda bernama Ranka Lee tertinggal dan menjadi target Vajra, tetapi dia diselamatkan pada detik-detik terakhir oleh Alto. Setelah peristiwa ini, program Layanan Militer Strategis mencatat keahlian Alto dalam pertempuran, yang mengakibatkan perekrutannya untuk melawan ancaman alien baru.
