Pada tahun 2008, pemerintah Jepang mulai memburu orang-orang yang mengidentifikasi diri mereka sebagai otaku dalam upaya untuk melindungi budaya negara. Hanya dalam waktu satu minggu, badan penegak hukum yang dikenal sebagai SSC menangkap hampir semua otaku secara paksa dan menyita memorabilia mereka. Seorang pria bersemangat yang menyebut dirinya Otaku Hero menolak untuk membiarkan lembaga ini melakukan apa pun yang mereka inginkan: dia membentuk pasukan perlawanan yang terdiri dari para otaku yang terlantar yang bersatu untuk membantu mempertahankan budaya mereka.
Tiga tahun kemudian, api pemberontakan memudar karena semua harapan tampaknya hilang bagi Otaku. Didorong oleh sekutunya-gadis ajaib Anarchy-Otaku Hero memimpin perlawanan dalam upaya untuk menyatukan kembali Anarchy dengan dua gadis ajaib lainnya: Biru dan Merah Muda. Dengan menggabungkan kekuatan trio ini, perlawanan mungkin dapat mengalahkan SSC dan menyelamatkan budaya otaku untuk semua orang.
