Setiap hari, Aya Asagiri berpikir untuk bunuh diri. Dia diintimidasi tanpa henti di sekolah, dan di rumah, kakak laki-lakinya, Kaname, melakukan kekerasan fisik terhadapnya untuk meringankan tekanan akademis yang diberikan oleh ayah mereka.
Suatu malam, saat dia terbangun dan berharap untuk mati, sebuah situs web misterius bernama Magical Girl Site muncul di laptopnya, menjanjikan untuk memberinya kekuatan magis. Awalnya, dia menganggapnya sebagai lelucon yang menyeramkan, tetapi ketika dia menemukan pistol ajaib di loker sepatunya keesokan harinya, dia tidak tahu apa yang harus dipercaya. Memutuskan untuk membawanya, dia segera bertemu dengan para pengganggunya sekali lagi. Namun kali ini, karena putus asa mencari cara untuk menyelamatkannya, ia menggunakan pistol tersebut-dan para penyerangnya diangkut ke perlintasan kereta api terdekat, di mana mereka ditabrak.
Hati nurani Aya tidak dapat menerima kenyataan bahwa ia telah membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan ia berusaha keras untuk memahami situasinya. Namun, ketika dia mendapati dirinya dalam masalah lagi, dia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, teman sekelasnya yang dapat menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Duo ini memiliki banyak hal yang harus dilakukan: mereka tidak hanya harus bertarung bersama dan melawan gadis-gadis penyihir lainnya, tetapi mereka juga harus mengungkap kebenaran di balik situs web dan peristiwa apokaliptik yang dikenal sebagai “The Tempest” yang akan segera terjadi.
