Berada di sekitar gadis-gadis manis dengan pakaian yang manis adalah dambaan Eruna Ichinomiya. Karena SMA Mikagura kebetulan memiliki seragam termanis, ia memutuskan untuk mendaftar di SMA bergengsi yang terkenal dengan klub budayanya.
Namun, ia tidak menyadari bahwa bergabung dengan klub adalah suatu keharusan, dan perwakilan dari setiap klub harus bersaing untuk mendapatkan peringkat. Berdasarkan peringkat ini, anggota klub mendapatkan tempat tinggal dan makanan. Mengejar Seisa Mikagura, gadis tercantik di sekolah, Eruna bergabung dengan klub pulang kampung tetapi mendapati dirinya terdorong untuk bertarung dalam pertarungan klub berikutnya. Dengan perwakilan klub lainnya yang memiliki kekuatan unik, persaingan pasti akan sengit!
Diadaptasi dari serial lagu populer, Mikagura Gakuen Kumikyoku mengikuti Eruna saat ia menjelajahi berbagai klub di sekolah dan membantu para anggotanya dengan kehidupan mereka yang penuh masalah, yang semuanya juga bersaing untuk mendapatkan posisi teratas di sekolah.
