Dahulu kala, semua manusia hidup di bawah laut. Namun, beberapa orang lebih memilih untuk tinggal di permukaan dan meninggalkan kehidupan di bawah air secara permanen. Akibatnya, mereka kehilangan perlindungan yang diberikan oleh dewa yang disebut “Ena” yang memungkinkan mereka untuk bernapas di bawah air. Seiring berjalannya waktu, keretakan antara penghuni laut dan permukaan semakin melebar, meskipun kontak antara kedua bangsa tersebut masih ada.
Nagi no Asu kara mengikuti kisah Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama dengan teman masa kecil mereka, Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki, yang dipaksa meninggalkan laut dan bersekolah di permukaan. Di sana, mereka juga bertemu dengan Tsumugu Kihara, seorang murid sekaligus nelayan yang sangat mencintai laut.
Kehidupan Hikari dan teman-temannya pasti akan berubah karena mereka harus berurusan dengan kebencian dan diskriminasi yang mendalam antara orang-orang yang tinggal di laut dan di permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta badai yang akan datang yang mungkin akan membawa malapetaka bagi semua orang yang tinggal di permukaan.
