Dua tahun telah berlalu sejak berakhirnya Perang Ninja Besar Keempat. Konohagakure tetap berada dalam keadaan damai dan harmonis—hingga Hokage Keenam Kakashi Hatake menyadari bahwa bulan sedang mendekati Bumi dengan berbahaya, menimbulkan ancaman kehancuran planet.
Di tengah cobaan berat itu, Konoha diserbu oleh kejahatan baru, Toneri Oosutuski, yang tiba-tiba menculik adik perempuan Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi mengirimkan tim ninja terampil yang terdiri dari Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai, dan Hinata dalam upaya menyelamatkan Hanabi dari cengkeraman jahat Toneri. Namun, selama misi mereka, tim menghadapi beberapa rintangan yang menantang mereka, menggagalkan upaya mereka.
Dengan penculikannya, hubungan yang dijalin tim satu sama lain diuji, dan dengan dunia yang mencapai ambang kehancuran, mereka harus berpacu dengan waktu untuk memastikan keselamatan planet mereka. Sementara itu, saat pertempuran terjadi, Naruto terdorong untuk memperjuangkan sesuatu yang lebih besar dari yang pernah dibayangkannya—cinta.
