Pulang ke Konohagakure, para ninja muda merayakan keberhasilan mereka mengalahkan sekelompok orang yang seharusnya menjadi anggota Akatsuki. Namun, Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno merasakan hal yang berbeda. Naruto cemburu pada keluarga rekan-rekannya yang mengucapkan selamat, dan mengharapkan kehadiran orang tuanya sendiri. Sakura, di sisi lain, marah pada orang tuanya yang memalukan, dan berharap tidak memiliki orang tua sama sekali. Keduanya berselisih karena cita-cita mereka yang berlawanan, tetapi dihadapkan pada masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha yang bertopeng tiba-tiba muncul dan membawa mereka ke dunia alternatif.
Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap sebagai pahlawan-karena mereka telah mengorbankan nyawa mereka untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun yang lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Karena tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara yang bertopeng, Naruto dan Sakura tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka dambakan. Semua tampak baik-baik saja bagi kedua ninja ini, hingga sebuah ancaman tak terduga muncul dan mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya bertarung demi Konohagakure di dunia alternatif, tetapi juga menemukan jalan kembali ke dunia mereka.
