Di Arkham Asylum, Batman bertempur dengan Gorilla Grodd ketika mencoba menghancurkan penemuan terbaru Grodd: Mesin Gempa. Di tengah kekacauan, mesin tersebut aktif, dan seluruh rumah sakit jiwa tiba-tiba lenyap begitu saja-Batman pun ikut lenyap. Setelah debu mengendap, Batman mendapati dirinya berdiri di tengah jalan yang asing. Dia segera menyadari bahwa dia tidak lagi berada di Kota Gotham-melainkan di Jepang Feodal!
Ketakjuban itu dengan cepat memudar saat para samurai menghampirinya, berusaha untuk menghabisi nyawanya. Kemudian, penyelidikan Batman menuntunnya untuk menemukan bahwa orang yang bertanggung jawab atas perintah pembunuhan tersebut tidak lain adalah musuh bebuyutannya, Joker. Setelah bertemu dengan Catwoman, ia mengetahui bahwa para penjahat di rumah sakit jiwa tersebut telah berteleportasi ke sana dua tahun sebelumnya – masing-masing menguasai sebagian wilayah Jepang dengan Joker sebagai panglima perang yang dominan.
Untuk kembali ke rumah, Batman harus mengaktifkan kembali Quake Engine, yang terletak di sisa-sisa bangunan rumah sakit jiwa, yang sekarang dikenal sebagai Arkham Castle. Namun, ada satu masalah: selain sabuk gadgetnya, persenjataan yang dulunya ada di ujung jarinya telah hilang. Ninja Batman mengikuti sang Ksatria Kegelapan saat ia melintasi lingkungan baru yang aneh, berhadapan dengan musuh-musuh yang tidak asing lagi untuk kembali ke Gotham dalam keadaan utuh.
