Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia yang berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna… setidaknya di permukaan. Namun, Shion-seorang penduduk elit di negara kota No. 6-mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat tinggalnya, berkat pertemuannya dengan seorang anak laki-laki misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari sekian banyak orang yang tinggal di gurun terpencil di balik tembok-tembok yang dianggap sebagai utopia. Namun, meskipun mengetahui bahwa anak laki-laki itu adalah buronan, Shion memutuskan untuk menampungnya dan melindunginya, yang berakibat pada konsekuensi yang drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan statusnya sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota itu mulai diketahui.
Sekarang, lama setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup mereka, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan sekali lagi-mantan elit dan anak laki-laki dalam pelarian itu akan memulai petualangan yang akan, pada waktunya, mengungkapkan rahasia No. 6 yang menghancurkan.
