Menjelang akhir musim gugur, Chidori Yoshino, anggota Strega, menculik Junpei Iori. Sementara itu, Makoto Yuuki dan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES) menghabisi Arcana Hanged Man. Tak lama kemudian, seorang playboy misterius bernama Ryouji Mochizuki pindah ke Kelas 2-F SMA Gekkoukan.
Diduga telah mencapai tujuan mereka, para anggota SEES percaya bahwa mereka terbebas dari pertempuran yang telah merenggut nyawa orang-orang terkasih mereka. Namun, Tartarus dan Dark Hour tetap ada, tak terpengaruh oleh pemusnahan Shadow kedua belas. Bingung dengan kegagalan mereka, SEES harus menghadapi perjuangan pribadi mereka dan menemukan siapa yang mereka perjuangkan. Seiring perjalanan pencarian jati diri Makoto dan Junpei, identitas Ryouji dan alasan di balik kebencian Aegis terhadapnya menjadi jelas.
