Berkat kesuksesan luar biasa Sistem Sibyl, Jepang mulai mengekspor teknologinya ke negara-negara lain dengan harapan suatu hari nanti dapat digunakan di seluruh dunia. Untuk menguji efektivitasnya di luar negeri, negara yang dilanda perang, Uni Asia Tenggara (SEAUn), memutuskan untuk menerapkan sistem ini, dengan harapan dapat membawa perdamaian dan stabilitas ke kota Shambala Float serta menjaga populasinya tetap terkendali.
Namun, sekelompok teroris anti-Sibyl tiba di Jepang, dan Biro Keamanan Publik Kementerian Kesejahteraan menemukan bukti signifikan bahwa para penyerbu tersebut dibantu oleh Shinya Kougami, mantan Penegak Hukum yang menjadi pemberontak. Karena hubungan masa lalu mereka, Akane Tsunemori dikirim ke SEAUn untuk membawanya kembali, tetapi karena pertemuan terakhir mereka telah berlalu bertahun-tahun yang lalu, reuni mereka mungkin tidak berjalan sesuai rencana.
