Pada tahun 2113, Kementerian Luar Negeri (MFA) membubarkan unit paramiliter rahasia mereka yang dikenal sebagai Pasukan Penjaga Perdamaian. Namun, pasukan ini menghilang, dan aktivitas mereka tetap menjadi misteri. Lima tahun kemudian, Pasukan Penjaga Perdamaian muncul kembali ketika mereka membunuh Milcia Stronskaya, seorang ilmuwan yang memiliki dokumen sangat rahasia yang penting bagi masa depan Sistem Sybil-sistem pengawasan Jepang yang mendeteksi calon penjahat di masyarakat.
Untuk menyelidiki insiden tersebut dan mempersiapkan bentrokan melawan Pasukan Penjaga Perdamaian dengan berkoordinasi dengan MFA, kepala Biro Keamanan Publik memutuskan untuk merekrut mantan Penegak Hukum Shinya Kougami kembali ke kepolisian. Setelah membelot beberapa tahun yang lalu, Kougami saat ini bekerja untuk MFA di bawah komando Frederica Hanashiro. Kembalinya Kougami menciptakan ketegangan antara dia dan mantan rekannya Akane Tsunemori dan Nobuchika Ginoza, tetapi mereka harus mengesampingkan dendam masa lalu mereka untuk fokus memastikan keamanan Sistem Sybil.
