Kazamatsuri, sebuah kota modern yang berkembang dengan baik dan terkenal dengan kehijauan dan budaya Jepang yang kaya, adalah rumah bagi Kotarou Tennouji, seorang siswa sekolah menengah yang paling tidak tahu tentang nilai-nilai yang dianut di tempat itu. Puas mengisi kantongnya dengan kesembronoan, anak laki-laki yang sombong dan usil ini menghabiskan waktunya dengan mengganggu Haruhiko yang memproklamirkan diri sebagai anak nakal, dan menuruti perasaan cintanya pada Kotori yang aneh.
Dilengkapi dengan kemampuan manusia super untuk menulis ulang bagian tubuhnya secara permanen untuk melipatgandakan kekuatan atau kecepatannya, Kotarou secara alami tertarik pada hal-hal gaib. Satu pertemuan khusus dengan satu-satunya anggota dan presiden Klub Penelitian Ilmu Gaib, “Penyihir” Akane Senri, membuat Kotarou menghidupkan kembali Klub Ilmu Gaib dengan merekrut Kotori dan tiga anggota lainnya: murid pindahan yang kikuk, Chihaya, wakil ketua kelas yang tegas, Lucia, dan Shizuru yang sederhana. Saat Kotarou mengungkap rahasia tersembunyi dari setiap anggota Klub Gaib melalui petualangan bersama mereka, dia pasti akan menghadapi takdir yang hanya dia yang bisa menulis ulang.
