Bosan dengan rumahnya di pedesaan, Yoshino Koharu yang baru saja lulus kuliah ingin sekali menjalani kehidupan yang lebih menarik di Tokyo. Setelah mencari pekerjaan tanpa hasil, ia akhirnya menerima tawaran paruh waktu sebagai ratu di “Kerajaan Chupakabura” yang aneh, sebuah tempat wisata mini yang kumuh di kota pertanian kecil Manoyama. Namun, Yoshino menemukan setibanya di Manoyama bahwa dia dikira seorang selebriti dan tawaran pekerjaan itu adalah sebuah kesalahan. Karena tidak memiliki pilihan lain, Yoshino dengan enggan setuju untuk mengambil peran tersebut dan membantu Dewan Pariwisata dalam upaya mereka untuk merevitalisasi Manoyama. Bertekad untuk membawa kegembiraan ke kota yang sekarat dengan bantuan penduduk setempat, sang ratu memberlakukan serangkaian proyek untuk menyoroti keindahan dan pesona budaya Manoyama.
Sakura Quest menggali kisah komunitas yang erat yang berjuang untuk menyeimbangkan perubahan sekaligus mempertahankan tradisi dan ikatan yang kaya yang mendefinisikan identitas mereka.