Seiken Tsukai no World Break berlatar di Akademi Swasta Akane, tempat para siswa yang memiliki ingatan akan kehidupan masa lalu mereka dilatih untuk menggunakan Seni Leluhur agar mereka dapat menjadi pelindung dari monster-monster, yang disebut Metafisika, yang menyerang secara acak. Dikenal sebagai penyelamat, para siswa dibagi menjadi dua kategori: kurogane yang mampu menggunakan prana mereka untuk memanggil senjata ofensif dan kuroma yang mampu menggunakan sihir.
Cerita ini dimulai enam bulan sebelum klimaks utama seri ini, yaitu pada upacara pembukaan di hari pertama tahun ajaran. Setelah upacara selesai, tokoh utama, Moroha Haimura, bertemu dengan seorang gadis bernama Satsuki Ranjou yang mengungkapkan bahwa ia adalah adik perempuan Moroha di kehidupan sebelumnya, di mana Moroha adalah seorang pangeran heroik yang mampu menghabisi seluruh pasukan dengan keahlian pedangnya. Tak lama kemudian, ia bertemu gadis lain, Shizuno Urushibara, yang akhirnya mengungkapkan bahwa ia juga mengenal Moroha di kehidupan lampau yang sama sekali berbeda. Moroha adalah penguasa kegelapan yang mampu menggunakan sihir penghancur, tetapi menyelamatkannya dari perbudakan. Bisakah mereka yang pikirannya hidup di masa kini dan masa lalu benar-benar meraih masa depan yang cerah? Selami dunia Seiken Tsukai no World Break yang kompleks untuk mencari tahu!
