Ribuan tahun yang lalu, naga kuno Bahamut mendatangkan malapetaka di tanah Mistarcia, sebuah dunia tempat para dewa dan iblis hidup di antara umat manusia. Bekerja sama untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa yang bersaing itu nyaris berhasil menyegel Bahamut, dan sepakat untuk membagi kuncinya di antara mereka agar naga itu tetap terpenjara selamanya.
Dengan dunia yang aman dari kehancuran Bahamut, kehidupan para pemburu bayaran seperti Favaro Leone berjalan seperti biasa. Menjalani gaya hidup santai dan egois, Favaro yang amoral melanjutkan pekerjaannya sambil melarikan diri dari sesama pemburu bayaran, Kaisar Lidfard, seorang pria saleh yang bersumpah untuk membalas dendam kepada Favaro. Namun, kehidupan Favaro yang riang berubah menjadi kacau ketika ia bertemu Amira, seorang wanita misterius yang memegang separuh kunci perdamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis menceritakan kisah sekelompok pahlawan tak terduga yang terjebak di tengah pertempuran dahsyat antara dewa dan iblis, terpaksa menentukan jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang mengancam.
