Pada tahun 2011, sebagian kecil manusia mulai menunjukkan kemampuan psikokinetik yang dikenal sebagai “Cantus.” Lebih dari satu milenium kemudian, di kota kecil Kamisu 66, Saki Watanabe adalah orang terakhir dari teman-temannya yang membangkitkan kekuatannya dan bergabung dengan Akademi Sage, sebuah sekolah untuk cenayang seperti dirinya. Meskipun semua orang di institusi tersebut memiliki Cantus, mereka tidak semuanya setara; tak lama setelah Saki mendaftar, salah satu teman sekelasnya yang dianggap lebih lemah dari yang lain tiba-tiba menghilang.
Saat berjalan pulang ke rumah bersama teman-temannya – Maria Akizuki yang gigih, Shun Aonuma yang cerdas, Satoru Asahina yang jeli, dan Mamoru Ito yang pemalu – Saki bertemu dengan dua makhluk asing yang dikenal sebagai “Tikus Monster”. Makhluk-makhluk ini menyerupai tahi lalat dan menyembah mereka yang memiliki Cantus sebagai dewa. Sebagai hasilnya, ketika Saki menggunakan kemampuannya untuk menyelamatkan seseorang dari masalah, dia disambut dengan rasa terima kasih yang luar biasa.
Sekarang tidak yakin dengan posisi Tikus Monster di masyarakat, Saki dan teman-temannya mencari tahu tentang penghilangan lainnya. Seiring berjalannya waktu, mereka perlahan-lahan mencari jawaban atas misteri yang mengelilingi mereka dan mulai menyadari bahwa dunia baru yang tampaknya “sempurna” ini menyembunyikan masa lalu manusia yang kelam.
