Setelah mencapai titik puncak emosinya, Rintarou Okabe menolak untuk terus membantu penjelajah waktu Suzuha Amane dalam misinya untuk mencegah Perang Dunia III, karena ia percaya bahwa upaya lebih lanjut untuk menyelamatkan Makise Kurisu akan sia-sia. Tak lama kemudian, Okabe meninggalkan persona ilmuwan gilanya dan menjadi mahasiswa biasa.
Teman dekat Okabe, Mayuri Shiina, melihat Okabe mulai pulih dari traumanya dan tampak bahagia. Namun, ada sesuatu yang tampaknya masih mengganggu Okabe. Steins;Gate: Kyoukaimenjou no Missing Link – Divide By Zero menandai dimulainya sebuah perbedaan yang kritis – sebuah garis waktu di mana beban takdir semakin meningkat di luar batas kemampuan seseorang.
